Les publications scientifiques en lien avec les projets soutenus par BiodivOc

Aux porteurs de projets financé par BiodivOc

Afin d’assurer une bonne visibilité de l’action de la Région Occitanie en faveur de la recherche et une bonne évaluation du défi clé régional BiodivOc et de l’Université de Montpellier porteuse du défi, nous vous remercions de veiller particulièrement à :

• Intégrer les logos du défi clé BiodivOc, de la Région Occitanie et de l’Université de Montpellier sur vos supports de communication.
• Indiquer le financement régional dans toute publication en utilisant les mentions suivantes :
  FR : Ce travail a bénéficié d’une aide de la Région Occitanie au titre du « défi clé BiodivOc » porté par l’Université de Montpellier.
  GB : With the support of the Occitanie Regional Council’s program « Key challenge BiodivOc »
• Et pour les structures de recherche de l’UM, veiller à respecter la charte de signature des publications scientifiques de l’UM

• Vous pouvez également signaler à Biodivoc (biodivoc@umontpellier.fr) les publications et communications relatives au défi clé, ainsi que tout fait remarquable (obtention d’un prix ou d’une distinction par exemple).

MERCI !

Projet REPOL :

From the Mediterranean to the Pacific: re-circumscription towards Notelaea s.l. and historical biogeography of a generic complex in Oleinae (Oleaceae), Dupin et al. 2022, Botanical Journal of the Linnean Society, Volume 200, Issue 3, November 2022, Pages 360–377, https://doi.org/10.1093/botlinnean/boac024

Limitation of gene flow by distance in the common yellow jasmine (Chrysojasminum fruticans, Oleaceae): implications
for the study of its mating strategies, Puyoou et al., Botanical Journal of the Linnean Society, Volume 204, Issue 1, January 2024, Pages 23–34, https://doi.org/10.1093/botlinnean/boad035

Male fertility advantage within and between seasons in the perennial androdioecious plant Phillyrea angustifolia, F Laugier, P Saumitou-Laprade, J Lepart, P-O Cheptou, M Dufay, Annals of Botany, Volume 132, Issue 7, 1 December 2023, Pages 1219–1232, https://doi.org/10.1093/aob/mcad169

A hemizygous supergene controls homomorphic and
heteromorphic self-incompatibility systems in
Oleaceae, P Raimondeau et al., Current biology, 34, 1-10, 2024, https://doi.org/10.1016/j.cub.2024.03.029

Projet DevOCGen :

Meyer, L., Barry, P., Riquet, F., Foote, A., Der Sarkissian, C., Cunha,  R. L., … & Gagnaire, P. A. (2024). Divergence and gene flow  history at two large chromosomal inversions underlying ecotype  differentiation in the long‐snouted seahorse. Molecular Ecology, https://doi.org/10.1111/mec.17277

Vishwakarma, R., Sgarlata, G.M., Soriano-Paños, D., Rasteiro, R., Maié, T., Paixão, T., Tournebize, R. and Chikhi, L. (2024), Species-Specific Traits Shape Genetic Diversity During an Expansion–Contraction Cycle and Bias Demographic History Reconstruction. Molecular Ecology, 34: e17597. https://doi.org/10.1111/mec.17597

Tournebize R, and Chikhi L (2024) Ignoring population structure in hominin evolutionary models can lead to the inference of spurious admixture events. Nat Ecol Evol. https://doi.org/10.1038/s41559-024-02591-6

Parreira B, Gpalakrishnan S, Chikhi, L (2025) Effects of social structure on effective population size change estimates. Evolutionary Applications; 18:e70063 https://doi.org/10.1111/eva.70063.

Preprints :

Lounes Chikhi, Willy Rodriguez, Cyriel Paris, Marine Ha-Shan, Alexabe Jouniaux, Armando Arredondo, Camille Noûs, Simona Grusea, Josué M. Corujo, Camille Nous, Inês Lourenço, Simon Boitard, Olivier Mazet (2024). Extending the IICR to multiple genomes and identification of limitations of some demographic inferential methods. bioRxiv. https://doi.org/10.1101/2024.08.16.608273

Jouniaux, A., Arredondo, A., Boitard, S., Chikhi, L., & Mazet, O. (2024). Extending the IICR to complex non-stationary structured models. BioRxiv, https://doi.org/10.1101/2024.10.21.619462

Uhl, M., de Navascués, M., Boitard, S., & Servin, B. (2024). SelNeTime: a python package inferring effective population size and selection intensity from genomic time series data. bioRxiv, https://doi.org/10.1101/2024.11.06.622284

Hobolt A., S. Boitard, A. Futschik, R. Leblois (2024). A matrix-analytical sampling formula for time-homogeneous coalescent processes under the infinite sites mutation model. En révision à TPB suite au retour des relecteurs.

Romieu, J., Camarata, G., Crochet, P.-A., de Navascués, M., Leblois, R., Rousset, F. (2024) Performance evaluation of adaptive introgression classification methods. bioRxiv, https://doi.org/10.1101/2024.06.12.598278

Rousset F., R. Leblois, A. Estoup, J.-M. Marin (2025) Better confidence intervals in simulation-based inference of historical demography from population genetic data. BioRxiv, https://doi.org/10.1101/2024.09.30.615940

Steux C, Couloigner, C, Arredondo, A, Rodríguez, WV, Mazet, O, Tournebize, R, Chikhi, L, (2024). On the demographic history of chimpanzees and some consequences of integrating population structure in chimpanzees and other great apes. bioRxiv, (2025) HPGG, doi: https://doi.org/10.1101/2024.06.14.599042

Ha-Shan M, Thébaud, C, Tournebize, R, Gabrielli, M, Arredondo, A, Mila, B, Chikhi L (2024) Comparative population genomics of island birds reveal contrasting signals of ancient and recent population structure and panmixia. ResearchSquare, https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-5290559/v1

Projet ComplexAdapt :

Preprint : Improving our understanding of adaptive evolution by addressing multi-generational non-genetic responses, https://doi.org/10.32942/X2V04W

Projet PHENOFISH :

oiseau N, Mouillot D, Velez L, Seguin R, Casajus N, Coux C, Albouy C, Claverie T, Duhamet A, Fleure V, Langlois J, Villéger S & Mouquet N (2024) Inferring the extinction risk of marine fish to inform global conservation priorities. PLOS Biology, 22, e3002773. DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pbio.3002773.

GambOc :

Does pollution-induced phenotypic divergence in an invasive
teleost have an indirect effect on the functioning of aquatic ecosystems? (in prep) Martin N., Farcy E., Borner L., Richard M., St-Pé K., Bec B., Blanchet S.