Projet de consortium DevOCGen

Développement et applications de nouveaux outils pour la gestion et la conservation des populations naturelles à partir de données génomiques.

La gestion des populations menacées nécessite une connaissance fine de l’état démographique et génétique de ces populations : effectifs, fragmentation, consanguinité … Reconstruire la dynamique récente de ces différents paramètres est en particulier capital pour identifier les populations les plus vulnérables et les meilleures actions à mettre en place. Dans ce contexte, le polymorphisme génétique des populations représente une source d’information majeure mais encore peu utilisée en pratique.

Le projet DevOCGen vise à optimiser cette utilisation en développant (i) une technologie de séquençage permettant d’obtenir de grands échantillons de génomes entiers pour un coût bien inférieur à celui des technologies actuelles et (ii) des méthodes statistiques permettant d’estimer la dynamique récente et locale des populations à partir de tels échantillons.

© meier_etal_2021
© Schiffels_durbin_2014

Ces outils seront appliqués à une série d’espèces vivant dans des habitats diversifiés et représentant des enjeux de conservation en Occitanie.

Partenariat

Le consortium constitué mobilisera différentes disciplines liées à la biologie moléculaire, l’écologie et l’évolution (génétique des populations en premier lieu, mais aussi génétique quantitative ou démographie), aux mathématiques et à l’informatique. Il couvrira un large spectre de compétences des plus théoriques (probabilités et statistique) aux plus technologiques (nouvelles approches de séquençage d’ADN), avec également une forte composante empirique (suivi à long-terme des populations sur le terrain).

PorteursSimon BOITARD & Raphaël LEBLOIS, INRAE, CBGP
Co-porteurPierre-Alexandre GAGNAIRE, CNRS, ISEM
Co-porteurLounès CHIKHI, CNRS, EDB
Co-porteurPierre-André CROCHET, CNRS, CEFE
Co-porteurSimon BLANCHET, CNRS, SETE
Co-porteurJoris BERTRAND, Université de Perpignan, LGDP

Partenaires extérieurs

Partenaire
extérieur 1
Bertrand SERVIN, INRAE, GenPhySE
Partenaire
extérieur 2
Jean-Michel MARIN, Muse, IMAG
Partenaire
extérieur 3
Olivier MAZET, INSA Toulouse, IMT
Partenaire
extérieur 4
Pierre DE VILLEMEREUIL, MNHN, ISYEB
Partenaire
extérieur 5
Jean-François LE GAILLARD, CNRS, IEES
Partenaire
extérieur 6
Gilles POTTIER, Nature en Occitanie (CEN)
Partenaire
extérieur 7
Hugues PARRINELLO, Plate-forme de Génomique MGX
Partenaire
extérieur 8
Erick DESMARAIS, Plate-forme de Génomique GenSeq (CeMEB)
Partenaire
extérieur 9
Stéphane CAUET, Plate-forme de Génomique CNRGV
Partenaire
extérieur 10
Olivier BOUCHEZ et Céline LOPEZ-ROQUES, Plate-forme de Génomique GeT- PlaGe