Projet de consortium DevOCGen
Développement et applications de nouveaux outils pour la gestion et la conservation des populations naturelles à partir de données génomiques.
La gestion des populations menacées nécessite une connaissance fine de l’état démographique et génétique de ces populations : effectifs, fragmentation, consanguinité … Reconstruire la dynamique récente de ces différents paramètres est en particulier capital pour identifier les populations les plus vulnérables et les meilleures actions à mettre en place. Dans ce contexte, le polymorphisme génétique des populations représente une source d’information majeure mais encore peu utilisée en pratique.
Le projet DevOCGen vise à optimiser cette utilisation en développant (i) une technologie de séquençage permettant d’obtenir de grands échantillons de génomes entiers pour un coût bien inférieur à celui des technologies actuelles et (ii) des méthodes statistiques permettant d’estimer la dynamique récente et locale des populations à partir de tels échantillons.
Ces outils seront appliqués à une série d’espèces vivant dans des habitats diversifiés et représentant des enjeux de conservation en Occitanie.
Partenariat
Le consortium constitué mobilisera différentes disciplines liées à la biologie moléculaire, l’écologie et l’évolution (génétique des populations en premier lieu, mais aussi génétique quantitative ou démographie), aux mathématiques et à l’informatique. Il couvrira un large spectre de compétences des plus théoriques (probabilités et statistique) aux plus technologiques (nouvelles approches de séquençage d’ADN), avec également une forte composante empirique (suivi à long-terme des populations sur le terrain).
| Porteurs | Simon BOITARD & Raphaël LEBLOIS, INRAE, CBGP |
| Co-porteur | Pierre-Alexandre GAGNAIRE, CNRS, ISEM |
| Co-porteur | Lounès CHIKHI, CNRS, EDB |
| Co-porteur | Pierre-André CROCHET, CNRS, CEFE |
| Co-porteur | Simon BLANCHET, CNRS, SETE |
| Co-porteur | Joris BERTRAND, Université de Perpignan, LGDP |
Partenaires extérieurs
| Partenaire extérieur 1 | Bertrand SERVIN, INRAE, GenPhySE |
| Partenaire extérieur 2 | Jean-Michel MARIN, Muse, IMAG |
| Partenaire extérieur 3 | Olivier MAZET, INSA Toulouse, IMT |
| Partenaire extérieur 4 | Pierre DE VILLEMEREUIL, MNHN, ISYEB |
| Partenaire extérieur 5 | Jean-François LE GAILLARD, CNRS, IEES |
| Partenaire extérieur 6 | Gilles POTTIER, Nature en Occitanie (CEN) |
| Partenaire extérieur 7 | Hugues PARRINELLO, Plate-forme de Génomique MGX |
| Partenaire extérieur 8 | Erick DESMARAIS, Plate-forme de Génomique GenSeq (CeMEB) |
| Partenaire extérieur 9 | Stéphane CAUET, Plate-forme de Génomique CNRGV |
| Partenaire extérieur 10 | Olivier BOUCHEZ et Céline LOPEZ-ROQUES, Plate-forme de Génomique GeT- PlaGe |