Développement et applications de nouveaux outils pour la gestion et la conservation des populations naturelles à partir de données génomiques.

La gestion des populations menacées nécessite une connaissance fine de l’état démographique et génétique de ces populations : effectifs, fragmentation, consanguinité … Reconstruire la dynamique récente de ces différents paramètres est en particulier capital pour identifier les populations les plus vulnérables et les meilleures actions à mettre en place. Dans ce contexte, le polymorphisme génétique des populations représente une source d’information majeure mais encore peu utilisée en pratique.

Le projet DevOCGen vise à optimiser cette utilisation en développant (i) une technologie de séquençage permettant d’obtenir de grands échantillons de génomes entiers pour un coût bien inférieur à celui des technologies actuelles et (ii) des méthodes statistiques permettant d’estimer la dynamique récente et locale des populations à partir de tels échantillons. Ces outils seront appliqués à une série d’espèces vivant dans des habitats diversifiés et représentant des enjeux de conservation en Occitanie.

Partenariat

Le consortium constitué mobilisera différentes disciplines liées à la biologie moléculaire, l’écologie et l’évolution (génétique des populations en premier lieu, mais aussi génétique quantitative ou démographie), aux mathématiques et à l’informatique. Il couvrira un large spectre de compétences des plus théoriques (probabilités et statistique) aux plus technologiques (nouvelles approches de séquençage d’ADN), avec également une forte composante empirique (suivi à long-terme des populations sur le terrain).

Porteurs Simon BOITARD & Raphaël LEBLOIS, INRAE, CBGP
Co-porteur Pierre-Alexandre GAGNAIRE, CNRS, ISEM
Co-porteur Lounès CHIKHI, CNRS, EDB
Co-porteur Pierre-André CROCHET, CNRS, CEFE
Co-porteur Simon BLANCHET, CNRS, SETE
Co-porteur Joris BERTRAND, Université de Perpignan, LGDP
Partenaires extérieurs
Partenaire 1 Bertrand SERVIN, INRAE, GenPhySE
Partenaire 2 Jean-Michel MARIN, Muse, IMAG
Partenaire 3 Olivier MAZET, INSA Toulouse, IMT
Partenaire 4 Pierre DE VILLEMEREUIL, MNHN, ISYEB
Partenaire 5 Jean-François LE GAILLARD, CNRS, IEES
Partenaire 6 Gilles POTTIER, Nature en Occitanie (CEN)
Partenaire 7 Hugues PARRINELLO, Plate-forme de Génomique MGX
Partenaire 8 Erick DESMARAIS, Plate-forme de Génomique GenSeq (CeMEB)
Partenaire 9 Stéphane CAUET, Plate-forme de Génomique CNRGV
Partenaire 10
Olivier BOUCHEZ et Céline LOPEZ-ROQUES, Plate-forme de Génomique GeT- PlaGe

©schiffels_durbin_2014

©meier_etal_2021