Semaine de restitution du projet DevOCGen
La gestion des populations menacées nécessite une connaissance fine de l’état démographique et génétique de ces populations : effectifs, fragmentation, consanguinité … Reconstruire la dynamique récente de ces différents paramètres est en particulier capital pour identifier les populations les plus vulnérables et les meilleures actions à mettre en place. Dans ce contexte, le polymorphisme génétique des populations représente une source d’information majeure mais encore peu utilisée en pratique.
Le projet DevOCGen, financé par le défi clé BiodivOc de la Région Occitanie de 2021 à 2025, a visé à optimiser cette utilisation des données génomiques en conservation, via le développement de nouveaux outils moléculaires et statistiques. Il a également permis de produire de nouvelles données et connaissances sur plusieurs espèces représentant un enjeu de conservation en Occitanie.
À l’occasion de la fin de ce projet, nous invitons les scientifiques et acteurs-trices de la conservation à une semaine de restitution, qui sera l’occasion de présenter les principaux résultats obtenus et de proposer des initiations à différents outils liés aux objectifs du projet. Cet événement se déroulera du 1 au 4 décembre 2025 au bâtiment historique de la Faculté de médecine de Montpellier (2 rue de l’École de médecine), selon le programme détaillé ci-dessous.
Modalités pratiques
L’inscription est gratuite mais obligatoire avant le 7 novembre 2025.
Il est possible de ne s’inscrire que pour certaines journées ou demi-journées. Il n’est notamment pas nécessaire d’assister à la restitution générale du lundi pour participer à un ou plusieurs des ateliers du mardi au jeudi, même si cela permet sans doute d’avoir une meilleure compréhension du contexte général de ces ateliers.
Certains ateliers nécessiteront de venir avec un ordinateur et d’y installer certains outils logiciels, des instructions plus détaillées seront envoyées pour chaque atelier aux personnes inscrites.
Des pauses café et un déjeuner sous forme de buffet seront offertes le lundi (uniquement) dans la salle Dugès.
PROGRAMME
Lundi 1 décembre 2025 (9h – 17h, amphithéâtre d’anatomie)
Restitution générale du projet
Contenu indicatif (en construction)
1) Apport potentiel de la génétique pour la conservation et objectifs initiaux du projet DevOCGen.
2) Tour d’horizon des réalisations et résultats principaux du projet.
3) Premier bilan sur l’approche de séquençage par haplotagging, développée au sein de la plateforme GenSeq.
4) Inférence de la fragmentation récente : nouveaux outils développés et applications à deux modèles biologiques, la Centaurée de la Clape et le Goujon occitan.
5) Inférence de la dispersion et de la densité en génétique spatiale : nouveaux outils développés et application à un modèle biologique, le lézard Pyrénéen.
6) Table ronde / discussion sur les perspectives du projet.
Les pauses café et le buffet seront servis en salle Dugès.
Mardi 2 décembre matin (9h – 12h, salle Bonnaventure Laurens)
Atelier « Inférence de la démographie et de la sélection à l’aide de données génomiques temporelles »
Contenu : exposé introductif et initiation à l’outil SelNeTime (théorie et pratique).
Intervenants : Simon Boitard, Bertrand Servin, Mathieu Uhl, Paul Bunel, Miguel de Navascués
Mardi 2 décembre après-midi (14h – 17h, salle Bonnaventure Laurens)
Atelier « Inférence de la dispersion à l’échelle du paysage »
Contenu : présentation de différentes approches allant de la méthode de la régression à des méthodes récentes d’inférence par simulation, initiation au package R gspace2infer.
Intervenants : Raphaël Leblois, François Rousset, Pierre-André Crochet, Ghislain Camarata
Mercredi 3 décembre matin (9h – 12h, salle Bonnaventure Laurens)
Atelier « Utilisation des segments IBD (Identity by Descent) pour les inférences démographiques temporelles et spatiales »
Contenu : exposé théorique introductif, mise en pratique à partir d’un notebook s’appuyant sur des données simulées.
Intervenant.e.s : Pierre-Alexandre Gagnaire, Océane Eychenne, Romain Pechey
Mercredi 3 décembre après-midi (14h – 17h, salle Bonnaventure Laurens)
Atelier « Caractérisation des segments IBD à l’aide de l’outil RZooROH »
Contenu : présentation du modèle RZooROH et de ses applications, mise en pratique sur plusieurs jeux de données.
Intervenants : Mathieu Gautier, Tom Druet, Pierre Faux
Jeudi 4 décembre matin (9h-12h, salle Bonnaventure Laurens)
Atelier « Vous avez dit taille efficace ? »
Contenu : présentation de différentes méthodes d’estimation des variations passées de la taille efficace et réflexion sur l’interprétation et l’utilisation possible des résultats issus de ces méthodes.
Intervenant.e.s : Lounès Chikhi, Camille Steux, Raphaël Leblois
Jeudi 4 décembre après-midi (14h – 17h, salle Bonnaventure Laurens)
Atelier « Retour d’expérience sur l’haplotagging ».
Contenu : Description de la méthode, points clés en biologie moléculaire et bioinformatique, bilan comparatif des résultats obtenus sur différents jeux de données, recommandations et discussion en vue d’utilisations futures.
Intervenant.e.s : Pierre-Alexandre Gagnaire, Cathy Liautard-Haag, Simon Boitard, Elise Gay
Venir à la Faculté de médecine de Montpellier
Bâtiment historique : 2 rue de l’Ecole de Médecine – 34000 MONTPELLIER
Tramway : Ligne 1 – Arrêt Place Albert 1er St Charles ;
Ligne 4 – Arrêt Peyrou Arc-de-Triomphe
Vélomagg’ : Une station de vélos partagés se trouve au niveau de l’arrêt St Charles
En voiture :Suivre “Peyrou/Arceaux”
Parking : Parking Pitot, Parking Foch (accès au parking privé de la Faculté sur demande, soumis à autorisation d’accès à la zone piétonne auprès de la Mairie de Montpellier)
